Fakultas-fakultas di UIN Sunan Kalijaga :

• Adab dan Ilmu Budaya
• Dakwah dan Komunikasi
• Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
• Syari'ah dan Hukum
• Ushuluddin dan Pemikiran Islam
• Sains dan Teknologi
• Ilmu Sosial dan Humaniora
• Ekonomi dan Bisnis Islam
• Pascasarjana